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Les cotisations constituent le financement professionnel des CAAA. Elles se répartissent en trois catégories : les cotisations foncières dues par l'ensemble des propriétaires de terrain soumis à la taxe foncière non bâtie ; les cotisations spéciales dues par les exploitants ne disposant pas ou peu de foncier comme par exemple les horticulteurs, les maraîchers, les paysagistes, ... ; enfin les cotisations sur salaires dues par les entreprises employeurs de main d'oeuvre.
En complément du produit des cotisations, les Caisses perçoivent chaque année une compensation financière versée par l'Etat pour remédier aux inégalités contributives constatées entre le régime général et le régime agricole.
